Trong suốt lịch sử, Thiên hoàng và quý tộc Nhật Bản bổ nhiệm vị trí của Chính cung, bên cạnh đó còn có hệ thống phi tần và Nữ quan, Cung nữ.

Các triều đại hoàng gia Nhật Bản luôn thực hành chế độ đa thê, một truyền thống chỉ kết thúc vào khoảng thời kì Taishō (1912-1926). Bên cạnh Hoàng hậu, Thiên hoàng vẫn có thể và gần như luôn luôn lấy thêm một số thứ cung với nhiều thứ bậc khác nhau. Sau một sắc lệnh của Thiên hoàng Ichijō, một số Thiên hoàng thậm chí đã có đến hai Hoàng hậu, phân biệt là Hoàng hậu (皇后; kōgo) và Trung cung (中宮; chūgū). Với chế độ đa thê, gia tộc hoàng gia có thể có nhiều con cháu hơn. Con của thứ cung thường được công nhận là hoàng tử và do vậy có thể được công nhận là người thừa kế ngai vàng nếu Hoàng hậu không sinh được một người thừa kế. Trong việc ngối nôi, con của Hoàng hậu thường được lựa chọn hơn là con trai của Thứ cung. Vì vậy, việc chọn vợ cho Thái tử, tức là Hoàng hậu tương lai, có tầm quan trọng lớn.

Rõ ràng, truyền thống lâu đời nhất của cuộc hôn nhân chính thức trong các triều đại quân chủ là một cuộc hôn nhân giữa các thành viên trong triều đại, thậm chí giữa anh chị em mang một nửa dòng máu, chú và cháu gái. Hôn nhân như vậy được coi là để bảo tồn tốt hơn dòng máu hoàng gia, hay nhằm vào việc sinh ra một đứa trẻ mang tính biểu tượng của sự hòa giải giữa hai chi nhánh của các triều đại quân chủ. Con gái của người không phải hoàng gia vẫn là thê thiếp, một thực tế kéo dài cho đến khi Thiên hoàng Shōmu (701-706) chọn chính thê cho ông là Hoàng hậu Kōmyō, một người thuộc Gia tộc Fujiwara.

Cũng như nhiều nước khác, hoàng gia Nhật Bản luôn liên minh với những thế lực mạnh. Nhiều liên minh như thế đã được thiết lập thông qua hôn nhân. Những cuộc hôn nhân như vậy đã sớm trở thành một truyền thống điều khiển các cuộc hôn nhân của những thế hệ sau này, mặc dù liên minh thực tế ban đầu đã mất đi ý nghĩa thực sự của nó. Một mô hình được lặp đi lặp lại là người con rể thuộc hoàng gia luôn nằm dưới sự ảnh hưởng của người cha vợ không thuộc hoàng gia. Bắt đầu từ thế kỷ VII và VIII, Thiên hoàng chủ yếu lấy phụ nữ của gia tộc Fujiwara làm chính cung - những người hầu như là mẹ của Thiên hoàng tương lai. Điều này được che giấu bằng truyền thống kết hôn giữa những người thừa kế của các vị thần trong Thần đạo: hậu duệ của Thiên Chiếu Đại Thần với con cháu của một vị thần thuộc gia tộc Fujiwara[9]. Con cái của hoàng gia, những người thừa kế của đất nước, với nguồn gốc đến từ hai vị thần được coi rất phù hợp - hoặc ít nhất là phù hợp với các lãnh chúa Fujiwara hùng mạnh, những người nhận được ưu tiên trong các cuộc hôn nhân của hoàng gia. Thực tế đằng sau những cuộc hôn nhân như vậy là một liên minh giữa một hoàng tử của triều đình và một lãnh chúa Fujiwara (cha vợ hoặc ông ngoại của hoàng tử), người với các nguồn lực của mình sẽ hỗ trợ hoàng tử lên ngôi và thường xuyên nắm quyền kiểm soát chính phủ. Những sắp xếp này tạo ra truyền thống nhiếp chính (Sesshō và Kampaku), với các vị trí này chỉ được giữ bởi một lãnh chúa thuộc Ngũ Nhiếp Gia (五摂家; go sekke) của gia tộc Fujiwara.

Trước đó, các Thiên hoàng thường kết hôn với những phụ nữ từ gia đình của các lãnh chúa Soga và phụ nữ của chính gia tộc hoàng gia, tức là anh em họ và thậm chí là chị em (chị em cùng cha khác mẹ/cùng mẹ khác cha). Một số người của hoàng gia thuộc thế kỷ thứ V và thứ VI như Thánh Đức Thái tử là con của các cặp vợ chồng như vậy. Những cuộc hôn nhân này thường là liên minh hoặc công cụ để lên ngôi: các lãnh chúa Soga đảm bảo sự thống trị của mình khi vị hoàng tử được đặt trên ngai vàng là con rối do chính lãnh chúa đó điều khiển; hay một hoàng tử bảo đảm sự kết hợp của hai gia tộc để tăng cường quyền lên ngôi của chính ông và con cháu. Những cuộc hôn nhân cũng là một phương tiện để đánh dấu một sự hòa giải giữa hai nhánh của triều đình.

Sau vài thế kỷ, Thiên hoàng không thể nào chọn bất cứ ai từ những gia đình bên ngoài để làm chính cung, mặc cho những lợi ít về quyền lực hay sự giàu có do một cuộc hôn nhân như vậy mang lại. Rất hiếm khi một hoàng tử lên ngôi mà người mẹ không có nguồn gốc từ các gia đình đã được phê duyệt. Sự cần thiết trước kia đã biến đổi thành một truyền thống nghiêm ngặt. Phụ nữ từ gia tộc Fujiwara thường làm hoàng hậu trong khi phi tần lại đến từ các gia đình quý tộc ít cao quý. Trong hàng ngàn năm, con trai của một người nam của hoàng gia và một phụ nữ của tộc Fujiwara thường là người được nối ngôi. Năm chi họ của Fujiwara gọi là Ngũ Nhiếp Gia gồm: Ichijō (Nhất Điều gia), Nijō (Nhị Điều gia), Kujō (Cửu Điều gia), Konoe (Cận Vệ gia) và Takatsukasa (Ưng Tư gia) là nguồn cung cấp thái tử phi từ thế kỷ thứ VIII đến thế kỷ XIX, thậm chí thường xuyên hơn so với con gái của hoàng thân. Con gái của gia tộc Fujiwara do vậy thường là hoàng hậu và là mẹ của Thiên hoàng.

Sự hạn chế về vợ của Thiên hoàng và Thái tử đã được thực hiện rõ ràng hơn trong thời kỳ Minh Trị bởi luật hoàng gia năm 1889. Một điều khoản trong đó quy định rằng con gái của Ngũ Nhiếp Gia và con gái của gia tộc hoàng gia thường là cô dâu được chọn. Luật này được bãi bỏ sau Chiến tranh thế giới thứ hai. Thái Thượng Thiên hoàng Bình Thành, đã trở thành thái tử đầu tiên trong hơn một ngàn năm kết hôn với một phụ nữ từ bên ngoài.